GPACが

mingw / mingw-w64共に再びビルドできるようになったみたい。(SVN rev2183時点)

でも

./configure --cross-prefix=x86_64-w64-mingw32-

ってやったら

C   compiler: x86_64-w64-mingw32-gcc
C++ compiler: g++

と表示されるあたり、次に壊れるのも早そう…つーか、まだ直ってはいないといったほうがいいのかも。